عدم تطابق عملیاتی بین برنامه های مساجد و نیازهای مخاطب، نبود نظم و انسجام بین دستگاه های متولی برنامه ریزی، استفاده از تریبون فرهنگی برای اهداف غیر فرهنگی و عدم توجه به انتظارات خانواده ها از جمله مواردی است که از سوی کارشناسان به عنوان آسیب برنامه های اوقات فراغت مساجد عنوان شد.