در کنار مسائلی مانند منع کتابت حدیث و آسیب‌های اساسی فکری و عقیدتی در جامعه، امام باقر(ع) وارد یک مبارزه علمی شد و توانست با پاسخگویی مستدل به سؤالات و شبهات و نیز تربیت شاگردان زمان‌شناس و دانشمند، هجمه‌های مخرب را خاموش کند.