سرانجام، به همت دوستانش، بخش هایی از پیکرش شناسایی شد و پس از طواف در حرمین «اباعبدالله الحسین(صلوات الله علیه)» و «اباالفضل العباس(علیه السلام)» و تشییع در «بین الحرمین»، به نجف اشرق منتقل شد
شهید ذوالفقاری وصیت کرده بود که پیکرش را در قبرستان وادی السلام نجف به خاک بسپارند و با رضایت والدین این شهید عزیز مزار یاد بودی در تهران به نام او بنا خواهد شد.