شیخ جعفرآقا مجتهدی پس از حدود چهار سال اقامت در جوار حضرت ثامن الحجج (علیهالسلام) در تاریخ ششم ماه مبارک رمضان 1416 هـ . ق مطابق با 6/11/1374 هـ . ش هنگام ظهر روز جمعه دار فانی را وداع و روح ملکوتیشان عروج مینماید.
صفت بارزی که در مرحوم مجتهدی نمود داشت ادب ایشان بود،از وقتی که توفیق همصحبتی با ایشان را پیدا کردم، خندهی دنداننما از ایشان ندیدم حتی افراد خردسال که وارد مجلسشان میشدند تمامقد میایستادند.نسبت به سادات احترام خاصی قائل بود.
مرحوم شیخ جعفر مجتهدی آن عارف بالله و عاشق اهل بیت می فرمود: هر چه که دارم و به هر کجا که رسیده ام از ناحیه حضرت علی اصغر(علیه السلام ) و توسل به ایشان بوده است.