آیت‌الله خوشوقت مخالف با ترویج بحث کشف و کرامات بود، منطق ایشان این بود که این گونه مسائل برای کسانی که طالب حق و طی طریق در مسیر هدایت هستند منحرف کننده است، زیرا هدف رسیدن به این مسائل نیست.