تاریخ می گوید سازنده ی گنبد و بارگاه حضرت رقیه سلام الله علیها شیخ بهایی است. شیخ بهایی هنگامی که برای زیارت حرم ایشان رفتند بسیار با کرنش رفتند و فرمودند برای من اثبات شد اینجا قبر دختر 3 ساله ی حضرت ابی عبدالله علیه السلام است. شیخ بهایی به علوم غریبه مسلط بودند و معماری حرم امام رضا علیه السلام و حرم امام علی علیه السلام را انجام داده است.
