از سیاست های ضد دین رضا خان یکی تبدیل مدارس علمیه به مدارس دولتی بود که مدرسه علمیه شمس اهر نیز یکی از آنان بود و آیت الله نجفی آن را از دولت پهلوی پس گرفت و احیاء نمود.