مسجد جن به جهت رابطه‏ اى است كه با سوره جن دارد. مى‏ دانيم كه سوره جن يكى از سوره‏ هاى قرآن است. خداوند در اين سوره فرموده است: جن‌ها آيات الهى را شنيده و به آنها ايمان آوردند. گويا اين آيات در محلى كه به نام مسجد جن شهرت دارد، نازل شده است. برخى ناميده شدن آن را به مسجد البيعه، به دليل بيعت جن با آن حضرت دانسته‏ اند.