حاج آقا مصطفی خمینی در اول آبان ۵۶ به طرز مشکوکی به شهادت رسید، مرحوم آیت‌الله خاتم یزدی از آن روزگار و برخورد امام با این مساله و... به نقل خاطره پرداخته است.
متوکّل (دهمین خلیفه عبّاسى) حضرت امام هادى(ع) را به وسیله «یحیى بن هرثمة بن اعین» از مدینه به شهر سامرا احضار کرد و آن حضرت در سامرا سکونت نمود تا به شهادت رسید. امام هادى(ع) در (سوّم) ماه رجب سال ۲۵۴ در سامرا چشم از جهان فروبست.
