مقام معظم رهبری شناسایی شبهات روز و پاسخ به آنها را از جمله کارهای مهم حوزه‌های علمیه برشمردند و فرمودند: این کار هیچ منافاتی با فقاهت ندارد، زیرا فقه، منحصر به احکام عملی نیست، بلکه «فقه الله الاکبر» در واقع همان معارف اسلامی است و باید برای پاسخ به شبهات دینی نیز همانند کاوش‌های دقیق و پردامنه فقهی، اقدام و عمل کرد.